Расправившись с врагами, ниндзя случайно дотронулся до волшебного кристалла, потерял контроль над собой и в полете разрубил любимого учителя пополам. Душа поверженного Сенсея отделилась от тела и в лучших традициях джедаев стала витать синим фантомом, инструктируя нерадивого ученика. Отпустив саркастичный комментарий на тему того, что даже после смерти назойливый наставник продолжает указывать и приказывать, ниндзя отправился искоренять Зло.
Последнее представляют силы Мастера О-Дора, возглавляющего армию, вторгнувшихся в этот мир роботов. Усилиями злодея Хранители силы были схвачены и обезврежены. Игра включает 5 больших миров (джунгли, горы, залив и другие), которые предстоит пройти. В 4-х из них будет необходимо спасти одного из Хранителей и ликвидировать наместника О-Дора. Так, на Пляже роботов придется собрать потерянные гигантским трансформером органы - глаза и сердце.