В HD версии на уровне «Великая пирамида» есть 3 секрета, на остальных уровнях секреты там же, где и были в Serious Sam: The First Encounter. Вернемся к Пирамиде (последний уровень) - 1 и 2 секрет находятся на 2-ой площадке, где на вас будут идти монстры. Дождитесь, пока не откроются средние нижние двери: в глуби одной будет аптечка, в глуби другой броня (с сюрпризом). 3 секрет находится справа от дороги к Великой Пирамиде, его можно заметить по выделяющемуся камню в пустыне.
